植物根系掃描系統軟件可以讀取TIFF，JPEG標準格式的圖像。針對獲取的圖像，利用插入解密的軟件，同時配合廠家針對掃描儀配置的Scanner.cal校準文件，對掃描獲得的高質量根系圖像進行分析。

植物根系分析系統掃描時，掃面板下的光源和上蓋板中的光源同時掃過高透明度根盤中的根系樣品，這樣可以避免根系掃描時容易產生的陰影和不均勻等現象的影響，有效地保證了獲取的圖像質量。

植物根系圖像分析儀利用高質量圖形掃描儀獲取高分辨率植物根系彩色圖像或黑白圖像，該掃描儀在掃描面板下方和上蓋中安裝有專門的雙光源照明系統，并且在掃面板上預留了雙光源校準區域。此外，還配備有不同尺寸的、高透明度根系放置盤。

植物根系分析儀是一套用于洗根后的專業根系分析系統，可以分析根系長度、直徑、面積、體積、根尖記數等，功能強大，操作簡單，軟件可分析植物根系的形態，色彩、分級伸展分析及根系的整體結構分布等等。